Spent ages trying to get this to work, then eventually remembered I had opened the mailbox READONLY - obviously you need write permission for setting flags!(PHP 4, PHP 5, PHP 7, PHP 8)
imap_setflag_full — メッセージにフラグをセットする
   この関数は、指定した sequence のメッセージの
   フラグに指定した flag を設定し、保存します。
  
imapIMAP\Connection クラスのインスタンス。
sequence
       メッセージ番号のシーケンス。
       X,Y 形式でメッセージを列挙したり、
       X:Y 形式で範囲内のすべてのメッセージを指定したりすることができます。
      
flag
       設定可能なフラグは、(» RFC2060
       で定義された) \Seen、
       \Answered、\Flagged、
       \Deleted および \Draft です。
      
options
       options はビットマスクであり、以下の組み合わせとなります。
       
ST_UID - シーケンス引数はシーケンス番号の代わりに
          UID を含みます。
         
        
   常に true を返します。
  
   options が無効な場合、
   ValueError がスローされます。
  
| バージョン | 説明 | 
|---|---|
| 8.1.0 | 引数 imapは、IMAP\Connection
  クラスのインスタンスを期待するようになりました。
  これより前のバージョンでは、有効なimapresource が期待されていました。 | 
| 8.0.0 | optionsが無効な値の場合、
       ValueError がスローされるようになりました。
       これより前のバージョンでは、
       警告が発生し、falseを返していました。 | 
例1 imap_setflag_full() の例
<?php
$mbox = imap_open("{imap.example.org:143}", "username", "password")
     or die("接続できません: " . imap_last_error());
$status = imap_setflag_full($mbox, "2,5", "\\Seen \\Flagged");
echo gettype($status) . "\n";
echo $status . "\n";
imap_close($mbox);
?>Spent ages trying to get this to work, then eventually remembered I had opened the mailbox READONLY - obviously you need write permission for setting flags!Where possible I would avoid using POP3 accounts. My host allowed me to upgrade to IMAP and it is so much easier. I think the only way to accurately create any form of mail client with POP3 is to download the messages into an SQL database which is a big task to start with, considering the IMAP standards have the functionality we need built in.
I experimented with flag setting in POP3 and it seems they do not stick at all, and it is almost impossible to retrieve the number of unread messages (ie. the Seen / Unseen thing does not work)
Converted to IMAP and it's working - the majority of the functions in this section seem to be IMAP focussed and WILL NOT generally work with POP3